В 9784 году по летоисчислению Содружества, ницшеанцы начали восстание против Содружества Систем, желая освободиться от контроля и создать свой собственный порядок. Это привело к войне, исход которой должен был кардинально изменить судьбу всего мира. Чтобы остановить наступление врага, на встречу их флоту был отправлен крейсер Звёздной Гвардии Содружества «Созвездие Андромеды», которым командовал капитан Дилан Хант.
Однако, мощнейшее судно, когда-либо построенное человечеством, оказалось в ловушке ницшеанского флота. Не имея шансов на спасение, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться. Тем временем, сама «Андромеда» вместе с капитаном Хантом стала жертвой временной аномалии у границы черной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было уничтожено, но Ницшеанская Империя так и не возникла. С этого момента вселенная погрузилась в мрак и хаос, известные как «Долгая Ночь».
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн смог освободить некогда могущественное судно Содружества с орбиты черной дыры. Для жителей вселенной эти 303 года стали вечностью, тогда как для Дилана Ханта прошло лишь мгновение. Объединившись с командой «Эврики Мару», капитан Хант взял на себя задачу по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что этот путь будет долгим и полным испытаний.
